IPB Halle: Leibniz-Institut für Pflanzenbiochemie Deutsch

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4. Juli 2025 am IPB
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Wie Pflanzen ihrer Umwelt trotzen.
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Die Chemie der Natur – Basis für Wirkstoffe zur Gesunderhaltung von Mensch und Pflanze.
Biochemie pflanzlicher Interaktionen

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Wechselwirkungen in, von und mit Pflanzen.
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Sekundär jedoch nicht zweitrangig - Die biologischen Funktionen pflanzlicher Sekundärmetaboliten.
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Unser 10. Leibniz Plant Biochemistry Symposium am 7. und 8. Mai war ein großer Erfolg. Thematisch ging es in diesem Jahr um neue Methoden und Forschungsansätze der Naturstoffchemie. Die exzellenten Vorträge über Wirkstoffe…

Omanische Heilpflanze im Fokus der Phytochemie
IPB-Wissenschaftler und Partner aus Dhofar haben jüngst die omanische Heilpflanze Terminalia dhofarica unter die phytochemische Lupe genommen. Die Pflanze ist reich an…

Geschmack ist vorhersagbar: Mit FlavorMiner.
FlavorMiner heißt das Tool, das IPB-Chemiker und Partner aus Kolumbien jüngst entwickelt haben. Das Programm kann, basierend auf maschinellem Lernen (KI), anhand der…

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Datum: 14.05.2025 Referenznummer: 10/2025

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Publikation

Martens, M.; Stierum, R.; Schymanski, E. L.; Evelo, C. T.; Aalizadeh, R.; Aladjov, H.; Arturi, K.; Audouze, K.; Babica, P.; Berka, K.; Bessems, J.; Blaha, L.; Bolton, E. E.; Cases, M.; Damalas, D. ?.; Dave, K.; Dilger, M.; Exner, T.; Geerke, D. P.; Grafström, R.; Gray, A.; Hancock, J. M.; Hollert, H.; Jeliazkova, N.; Jennen, D.; Jourdan, F.; Kahlem, P.; Klanova, J.; Kleinjans, J.; Kondić, T.; Kone, B.; Lynch, I.; Maran, U.; Martinez Cuesta, S.; Ménager, H.; Neumann, S.; Nymark, P.; Oberacher, H.; Ramirez, N.; Remy, S.; Rocca-Serra, P.; Salek, R. M.; Sallach, B.; Sansone, S.-A.; Sanz, F.; Sarimveis, H.; Sarntivijai, S.; Schulze, T.; Slobodnik, J.; Spjuth, O.; Tedds, J.; Thomaidis, N.; Weber, R. J.; van Westen, G. J.; Wheelock, C. E.; Williams, A. J.; Witters, H.; Zdrazil, B.; Županič, A.; Willighagen, E. L.; ELIXIR and Toxicology: a community in development F1000Research 10 1129 (2023) DOI: 10.12688/f1000research.74502.2

Publikation

Peters, K.; Bradbury, J.; Bergmann, S.; Capuccini, M.; Cascante, M.; de Atauri, P.; Ebbels, T. M. D.; Foguet, C.; Glen, R.; Gonzalez-Beltran, A.; Günther, U. L.; Handakas, E.; Hankemeier, T.; Haug, K.; Herman, S.; Holub, P.; Izzo, M.; Jacob, D.; Johnson, D.; Jourdan, F.; Kale, N.; Karaman, I.; Khalili, B.; Emami Khoonsari, P.; Kultima, K.; Lampa, S.; Larsson, A.; Ludwig, C.; Moreno, P.; Neumann, S.; Novella, J. A.; O'Donovan, C.; Pearce, J. T. M.; Peluso, A.; Piras, M. E.; Pireddu, L.; Reed, M. A. C.; Rocca-Serra, P.; Roger, P.; Rosato, A.; Rueedi, R.; Ruttkies, C.; Sadawi, N.; Salek, R. M.; Sansone, S.-A.; Selivanov, V.; Spjuth, O.; Schober, D.; Thévenot, E. A.; Tomasoni, M.; van Rijswijk, M.; van Vliet, M.; Viant, M. R.; Weber, R. J. M.; Zanetti, G.; Steinbeck, C.; PhenoMeNal: processing and analysis of metabolomics data in the cloud GigaScience 8 giy149 (2019) DOI: 10.1093/gigascience/giy149

BackgroundMetabolomics is the comprehensive study of a multitude of small molecules to gain insight into an organism's metabolism. The research field is dynamic and expanding with applications across biomedical, biotechnological, and many other applied biological domains. Its computationally intensive nature has driven requirements for open data formats, data repositories, and data analysis tools. However, the rapid progress has resulted in a mosaic of independent, and sometimes incompatible, analysis methods that are difficult to connect into a useful and complete data analysis solution.FindingsPhenoMeNal (Phenome and Metabolome aNalysis) is an advanced and complete solution to set up Infrastructure-as-a-Service (IaaS) that brings workflow-oriented, interoperable metabolomics data analysis platforms into the cloud. PhenoMeNal seamlessly integrates a wide array of existing open-source tools that are tested and packaged as Docker containers through the project's continuous integration process and deployed based on a kubernetes orchestration framework. It also provides a number of standardized, automated, and published analysis workflows in the user interfaces Galaxy, Jupyter, Luigi, and Pachyderm.ConclusionsPhenoMeNal constitutes a keystone solution in cloud e-infrastructures available for metabolomics. PhenoMeNal is a unique and complete solution for setting up cloud e-infrastructures through easy-to-use web interfaces that can be scaled to any custom public and private cloud environment. By harmonizing and automating software installation and configuration and through ready-to-use scientific workflow user interfaces, PhenoMeNal has succeeded in providing scientists with workflow-driven, reproducible, and shareable metabolomics data analysis platforms that are interfaced through standard data formats, representative datasets, versioned, and have been tested for reproducibility and interoperability. The elastic implementation of PhenoMeNal further allows easy adaptation of the infrastructure to other application areas and ‘omics research domains.

Publikation

Hoffmann, N.; Rein, J.; Sachsenberg, T.; Hartler, J.; Haug, K.; Mayer, G.; Alka, O.; Dayalan, S.; Pearce, J. T. M.; Rocca-Serra, P.; Qi, D.; Eisenacher, M.; Perez-Riverol, Y.; Vizcaíno, J. A.; Salek, R. M.; Neumann, S.; Jones, A. R.; mzTab-M: A Data Standard for Sharing Quantitative Results in Mass Spectrometry Metabolomics Anal. Chem. 91 3302-3310 (2019) DOI: 10.1021/acs.analchem.8b04310

Publikation

Emami Khoonsari, P.; Moreno, P.; Bergmann, S.; Burman, J.; Capuccini, M.; Carone, M.; Cascante, M.; de Atauri, P.; Foguet, C.; Gonzalez-Beltran, A. N.; Hankemeier, T.; Haug, K.; He, S.; Herman, S.; Johnson, D.; Kale, N.; Larsson, A.; Neumann, S.; Peters, K.; Pireddu, L.; Rocca-Serra, P.; Roger, P.; Rueedi, R.; Ruttkies, C.; Sadawi, N.; Salek, R. M.; Sansone, S.-A.; Schober, D.; Selivanov, V.; Thévenot, E. A.; van Vliet, M.; Zanetti, G.; Steinbeck, C.; Kultima, K.; Spjuth, O.; Interoperable and scalable data analysis with microservices: applications in metabolomics Bioinformatics 35 3752-3760 (2019) DOI: 10.1093/bioinformatics/btz160

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