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Publikation

Müllers, Y.; Sadr, A. S.; Schenderlein, M.; Pallab, N.; D. Davari, M.; Glebe, U.; Reifarth, M.; Acrylate‐derived RAFT polymers for enzyme hyperactivation – boosting the α‐chymotrypsin enzyme activity using tailor‐made poly(2‐carboxyethyl)acrylate (PCEA) ChemCatChem 16 e202301685 (2024) DOI: 10.1002/cctc.202301685
  • Abstract
  • Internet
  • BibText
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We study the hyperactivation of α‐chymotrypsin (α‐ChT) using the acrylate polymer poly(2‐carboxyethyl) acrylate (PCEA) in comparison to the commonly used poly(acrylic acid) (PAA). The polymers are added during the enzymatic cleavage reaction of the substrate N‐glutaryl‐L‐phenylalanine p‐nitroanilide (GPNA). Enzyme activity assays reveal a pronounced enzyme hyperactivation capacity of PCEA, which reaches up to 950% activity enhancement, and is significantly superior to PAA (revealing an activity enhancement of approx. 450%). In a combined experimental and computational study, we investigate α‐ChT/polymer interactions to elucidate the hyperactivation mechanism of the enzyme. Isothermal titration calorimetry reveals a pronounced complexation between the polymer and the enzyme. Docking simulations reveal that binding of polymers significantly improves the binding affinity of GPNA to α‐ChT. Notably, a higher binding affinity is found for the α‐ChT/PCEA compared to the α‐ChT/PAA complex. Further molecular dynamics (MD) simulations reveal changes in the size of the active site in the enzyme/polymer complexes, with PCEA inducing a more pronounced alteration compared to PAA, facilitating an easier access for the substrate to the active site of α‐ChT.

Publikation

Dippe, M.; Davari, M. D.; Weigel, B.; Heinke, R.; Vogt, T.; Wessjohann, L. A.; Altering the regiospecificity of a catechol O‐methyltransferase through rational design: Vanilloid vs. isovanilloid motifs in the B‐ring of flavonoids ChemCatChem 14 e202200511 (2022) DOI: 10.1002/cctc.202200511
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Rational re-design of the substrate pocket of phenylpropanoid-flavonoid O-methyltransferase (PFOMT) from Mesembryanthe-mum crystallinum, an enzyme that selectively methylates the 3’-position (= meta-position) in catechol-moieties of flavonoids to guiacol-moieties, provided the basis for the generation of variants with opposite, i. e. 4’- (para-) regioselectivity and enhanced catalytic efficiency. A double variant (Y51R/N202W) identified through a newly developed colorimetric assay efficiently modified the para-position in flavanone and flavano-nol substrates, providing access to the sweetener molecule hesperetin and other rare plant flavonoids having an isovanil-loid motif.

Publikation

Weissenborn, M. J.; Koenigs, R. M.; Iron‐porphyrin Catalyzed Carbene Transfer Reactions – an Evolution from Biomimetic Catalysis towards Chemistry‐inspired Non‐natural Reactivities of Enzymes ChemCatChem 12 2171-2179 (2020) DOI: 10.1002/cctc.201901565
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Bioinspired, synthetic porphyrin complexes are important catalysts in organic synthesis and play a pivotal role in efficient carbene transfer reactions. The advances in this research area stimulated recent, “chemo‐inspired” developments in biocatalysis. Today, both synthetic iron complexes and enzymes play an important role to conduct carbene transfer reactions. The advances and potential developments in both research areas are discussed in this concept article.

Publikation

Knorrscheidt, A.; Püllmann, P.; Schell, E.; Homann, D.; Freier, E.; Weissenborn, M. J.; Identification of novel unspecific peroxygenase chimeras and unusual YfeX axial heme ligand by a versatile high‐throughput GC‐MS approach ChemCatChem 12 4788-4795 (2020) DOI: 10.1002/cctc.202000618
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Catalyst discovery and development requires the screening of large reaction sets necessitating analytic methods with the potential for high‐throughput screening. These techniques often suffer from substrate dependency or the requirement of expert knowledge. Chromatographic techniques (GC/LC) can overcome these limitations but are generally hampered by long analysis time or the need for special equipment. The herein developed multiple injections in a single experimental run (MISER) GC‐MS technique allows a substrate independent 96‐well microtiter plate analysis within 60 min. This method can be applied to any laboratory equipped with a standard GC‐MS. With this concept novel, unspecific peroxygenase (UPO) chimeras, could be identified, consisting of subdomains from three different fungal UPO genes. The GC‐technique was additionally applied to evaluate an YfeX library in an E. coli whole‐cell system for the carbene‐transfer reaction on indole, which revealed the thus far unknown axial heme ligand tryptophan.

Publikation

Paarmann, K.; Prakash, S. R.; Krohn, M.; Möhle, L.; Brackhan, M.; Brüning, T.; Eiriz, I.; Pahnke, J.; French maritime pine bark treatment decelerates plaque development and improves spatial memory in Alzheimer's disease mice Phytomedicine 57 39-48 (2019) DOI: 10.1016/j.phymed.2018.11.033
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BackgroundPlant extracts are increasingly investigated as potential drugs against Alzheimer's disease (AD) and dementia in general. Pycnogenol is an extract from the bark of the French maritime pine (Pinus pinaster Aiton subsp. atlantica) with known anti-oxidative and neuroprotective effects.Hypothesis/PurposePycnogenol is thought to improve cognitive functions in elderly. We wanted to investigate and quantify these effects in a model system of cerebral ß-amyloidosis/AD.Study design/methodsThis study experimentally assessed the effects of Pycnogenol on AD-related pathology in a ß-amyloidosis mouse model. APP-transgenic mice and controls were treated orally in a pre-onset and post-onset treatment paradigm. The effects of Pycnogenol were characterized by analysing ß-amyloid (Aß) plaques, number of neurons, glia coverage, myelination pattern, and cortical coverage with axons using immunohistochemistry. Aß levels were quantified using ELISA and gene expression levels of APP-processing enzymes ADAM10, BACE1 and IDE protein levels were determined by Western blot. Behavioural changes in circadian rhythm were monitored and spatial memory / cognition was assessed using a water maze test.ResultsPycnogenol significantly decreased the number of plaques in both treatment paradigms but did not alter levels of soluble Aß or the gene expression of APP-processing enzymes. The morphological analyses revealed no changes in the number of neurons, astrocytes, microglia, the myelination pattern, or the morphology of axons. Behavioural testing revealed an improvement of the spatial memory in the pre-onset treatment paradigm only.ConclusionOur results suggest to evaluate clinically a potential use of Pycnogenol in the prevention or in early stages of mild cognitive impairment (MCI) and AD.

Publikation

Löw, S. A.; Löw, I. M.; Weissenborn, M. J.; Hauer, B.; Enhanced Ene-Reductase Activity through Alteration of Artificial Nicotinamide Cofactor Substituents ChemCatChem 8 911-915 (2016) DOI: 10.1002/cctc.201501230
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The reduction of activated C=C double bonds is an important reaction in synthetic chemistry owing to the potential formation of up to two new stereogenic centers. Artificial nicotinamide cofactors were recently presented as alternative suppliers of hydride equivalents needed for alkene reduction. To study the effect of cofactors on the reduction of activated alkenes, a set of N‐substituted synthetic nicotinamide cofactors with differing oxidation potentials were synthesized and their electrochemical and kinetic behavior was studied. The effects of the synthetic cofactors on enzyme activity of four ene reductases are outlined in this study, where the cofactor mimic with an N‐substituted 4‐hydroxy‐phenyl residue led to a sixfold higher vmax relative to the natural cofactor NADH.

Publikation

Hoffmann, S. M.; Weissenborn, M. J.; Gricman, ?.; Notonier, S.; Pleiss, J.; Hauer, B.; The Impact of Linker Length on P450 Fusion Constructs: Activity, Stability and Coupling ChemCatChem 8 1591-1597 (2016) DOI: 10.1002/cctc.201501397
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Three different reductases have been fused to CYP153 monooxygenase from Marinobacter aquaeolei. The most promising candidate has been analysed in terms of its linker part, which connects the reductase with the haem domain through sequence alignment of the corresponding reductase family CYP116B. To improve the artificial fusion construct, the linker length has been varied, thereby only altering the non‐conserved middle part of the linker. This way seven artificial fusion constructs have been engineered, which varied in linker length between 11 and 32 amino acids (“natural” is 16). These variations showed a substantial impact on the fusion construct. The best mutant, extended by two amino acids, showed an improved activity (67 %), higher stability (67 % more active haem domain after 2 h) and a coupling efficiency of 94 % (55 % higher than before). Presented in this paper is an approach to find and optimise artificial fusion constructs for P450 monooxygenases.

Publikation

Hoffmann, S. M.; Danesh-Azari, H.-R.; Spandolf, C.; Weissenborn, M. J.; Grogan, G.; Hauer, B.; Structure-Guided Redesign of CYP153AM.aq for the Improved Terminal Hydroxylation of Fatty Acids ChemCatChem 8 3234-3239 (2016) DOI: 10.1002/cctc.201600680
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The structure of a P450 ω‐hydroxylase bound to its fatty acid product was determined, which revealed a narrow substrate tunnel that leads to the heme. The introduction of an arginine side chain in proximity to the carboxyl group of the fatty acid led to a reduced KM value for dodecanoic acid, which suggests the importance of an anchoring point in the active site. An increase in the flexibility of the substrate recognition region was also engineered, which resulted in a threefold improved product formation.

Publikation

Weissenborn, M. J.; Löw, S. A.; Borlinghaus, N.; Kuhn, M.; Kummer, S.; Rami, F.; Plietker, B.; Hauer, B.; Enzyme-Catalyzed Carbonyl Olefination by the E. coli Protein YfeX in the Absence of Phosphines ChemCatChem 8 1636-1640 (2016) DOI: 10.1002/cctc.201600227
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The Wittig‐type carbonyl olefination reaction has no biocatalytic equivalent. To build complex molecular scaffolds, however, C−C bond‐forming reactions are pivotal for biobased economy and synthetic biology. The heme‐containing E. coli protein YfeX was found to catalyze carbonyl olefination by reaction of benzaldehyde with ethyl diazoacetate under aerobic conditions in the absence of a triphenylphosphine oxophile. The reaction was performed in whole cells and showed a product formation of 440 mg L−1 in 1 h. It was, moreover, shown that the reaction could be performed under Wittig‐analogue conditions in the presence of triphenylphosphine or triphenylarsine.

Publikation

Dorka, R.; Miersch, O.; Wasternack, C.; Weik, P.; Chronobiological phenomena and seasonal changes in jasmonate levels during the course of the year and under constant conditions in mistletoe (Viscum album L.) Phytomedicine 14 15 (2007) DOI: 10.1016/j.phymed.2007.07.014
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