Computergestützte Pflanzenbiochemie

Die Arbeitsgruppe Computergestützte Pflanzenbiochemie arbeitet in folgenden Bereichen:

Methoden für die Analyse von Massenspektrometrie und Metabolomics Daten
Der Unterstützung von Datenmanagement nach den FAIR Prinzipien
Der Nutzung von modernen Bioinformatik Ansätzen in der Erforschung der Pflanzenbiochemie.

Weitere Details liefern die Beschreibungen einzelner Projekte.

Studentische Projekte, Bachelor- und Masterarbeiten

Es gibt die Möglichkeit, bei uns im Rahmen von Arbeitsgruppenpraktika, Bachelor- und Masterarbeiten oder als studentische Hilfskraft an spannenden Themen mitzuarbeiten, dazu einfach Steffen Neumann anschreiben. Bisherige Themen in Zusammenarbeit mit der Uni Halle und den Hochschulen Merseburg oder Köthen waren beispielsweise:

Untersuchungen von post-translationalen Proteinmodifikationen mit Methoden der Chemoinformatik
Entwicklung und Evaluierung von Modellen zur Retentionszeitvorhersage
Optimierung des Workflows zur Untersuchung von Enzymreaktionen
Automatic Keyword assignment for natural language descriptions of experiments in the life sciences
XCMS Parameteroptimierung mit genetischen Algorithmen
Integrierte Analyse von SNP- und MS-Daten
Prozessierung von Metabolomdaten aus SWATH Massenspektren
Interaktive Analyse von Naturstoffen mit Themenmodellen
Implementation eines dynamischen Green-Cloud Systems
Überrepräsentationsanalysen von Metabolitensets in Ontologien
Entwicklung bioinformatischer Methoden zur Identifizierung multifunktional vernetzter Peptide
Annotation of the Arabidopsis Metabolome
Intelligente Kandidatensuche für die Identifikation von Metaboliten
Gruppierung von LC/MS Pseudospektren aus multiplen Messungen
Multiples Alignment von LC-MS Daten
Workflow-enabled Metabolomics
Effiziente Suche in Moleküldatenbanken mit Tandem Massenspektrometrie Daten
Approximative Datenbank gestützte Ähnlichkeitssuche in 2D-NMR-Spektren