Plattform Proteomanalyse

Die Proteomanalyseeinheit ist mit der Romeis-Gruppe in der Abteilung BPI assoziiert. Unsere Gruppe befasst sich in erster Linie mit LC-MS/MS-basierten (Phospho-)Protein- und (Phospho)-Proteom-Analysen. Detektion und Quantifizierung von bis zu 7000 Proteinen in einer Pflanzengewebeprobe sind in der Gruppe etabliert. Discovery-Proteomics wird durch Protein-Interaktionsanalysen und gezielte Ansätze ergänzt, die eine genaue Quantifizierung einzelner Peptide in komplexen Proteinextrakten ermöglichen. 
 

Phosphorylierung 

Reversible Phosphorylierung an einen oder mehreren Stellen im Protein hat einen ebenso großen Einfluss auf die Proteinfunktion wie die Translation des Polypeptids selbst. Wir tragen mit Protein- und Proteomanalysen dazu bei, die Funktion und Mechanismen der calcium-abhängigen Proteinkinase (CDPK)-Signalübertragung sowie die dynamischen Veränderungen hinsichtlich Proteinabundanz, Phosphorylierung und Interaktion in verschiedenen biologischen Szenarien zu untersuchen. Unsere wichtigsten Fragen lauten: 

• Wie verändert sich das (Phospho)-Proteom der Pflanze aufgrund der CDPK-Aktivität?
• Was sind die unmittelbaren molekularen Kinasesubstrate von CDPKs?
• Können wir einzelne Aminosäuren als Schlüsselpositionen für die Regulierung der Proteinaktivität von CDPKs und ihren Zielen identifizieren?

Neben Analysen zur Phosphorylierung von gereinigten Proteinen (CDPK-(Auto-)Phosphorylierung und nachgeschaltete Substratphosphorylierung), haben wir Strategien zur Anreicherung von Phosphopeptiden etabliert. Ebenso führen wir gezielte Analysen einzelner regulativer Phosphorylierungsstellen (PRM = parallel reaction monitoting) und auch Phosphoproteomanalysen durch, um globale und umfassende Veränderungen im Phosphorylierungsmuster in Abhängigkeit der CDPK-Aktivität zu charakterisieren. 

IPB und externe Kooperationen

Neben unserer eigenen Forschung bieten wir Proteomics-Leistungen für alle Abteilungen des IPB an, arbeiten mit externen Kollaborationspartnern, und tragen mit verschiedensten Ansätzen zu Projekten und Publikationen bei: Proteinidentifizierung, Interaktionsstudien, Modifikationsanalyse (Phosphorylierung, Ubiquitinierung, ADP-Ribosylierung, Fluoreszenz-markierung spezifischer Aminosäuren usw.) und Proteomanalyse. 

Unser Ziel ist es, unsere Methoden und unser Repertoire sowie unseren Service für das IPB und unsere Kooperationspartner kontinuierlich zu verbessern. 

Ausstattung: 

Modernste LC-MS-Systeme

• Orbitrap Fusion Lumos Tribrid Massenspektrometer (ThermoFisher) mit nLC1200 HP-LC (mit Link zur anderen Webseite)
• QExactive Plus (ThermoFisher) mit nLC1000 HP-LC (mit Link zur anderen Webseite)

Die Beantragung eines Orbitrap Astral Massenspektrometersystems (ThermoFisher) ist in Bearbeitung