Datenbanken und Tools

Die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des IPB entwickeln zahlreiche Ressourcen, Tools und Datenbanken für die Pflanzenforschung sowie Bio- und Chemoinformatik. Diese können als Download oder online genutzt werden.

Computerbasierte Massenspektrometrie

XCMS

C/MS und GC/MS Signalverarbeitung

CAMERA

C/MS und GC/MS Signalverarbeitung

MassBank

Tandem MS Referenzdatenbank

MetFamily

Erkennung von Mustern in Metabolomdaten mit multivariater Statistik und Clustern ähnlicher Fragmentierungsmuster

Rdisop

Summenformel Berechnung

MetShot

Tandem Massenspektren im Hochdurchsatz

MetFrag

In‐silico Metabolitenidentifikation

Bioinformatik

cisHighlight

Visualisierung von cis-Elementen in Promotorsequenzen

PaCeQuant

Ein Programm, das automatisch die Form von Blattepidermiszellen quantifiziert. PaCeQuant ist Teil der MiToBo-Erweiterung für Fiji/ImageJ.

Cytoskeleton Analyzer 2D

Automatische Analyse und Quantifizierung von Strukturelementen in Mikroskopiebildern

FlagScreen

Kalibrierung von Aequorin-basierten Kalziummessungen

RootDetection

Ein Programm zur Erkennung von Wurzeln und Vermessung von Wurzellängen in Fotos von Pflanzenwurzeln.