16.09.2020

Neue Funktionen und Anleitung für PaCeQuant veröffentlicht.

Forscherinnen und Forscher des IPB, der MLU und des iDiv haben vor kurzem ein Methodenkapitel über ihre Software PaCeQuant zur Zellformanalyse bei Blattepidermiszellen veröffentlicht. Darin stellen sie außerdem neu entwickelte Funktionen von PaCeQuant vor.

Die Epidermiszellen der Blattoberfläche bilden ein dichtes Abschlussgewebe, indem sie wie Puzzleteile ineinandergreifen. Pflanzenforscher untersuchen sie, um die Entstehung der Zellform und die Koordination des Wachstums zu verstehen. Um Blattepidermiszellen in Mikroskopiebildern automatisiert und im Hochdurchsatz analysieren zu können, entwickelte das Forscherteam vor einigen Jahren das ImageJ-basierte MiToBo-Plugin PaCeQuant. Bisher konnte man von PaCeQuant 28 Zellformmerkmale bestimmen lassen. In ihrem Methodenkapitel stellen die Forscher nun neue Funktionen und Plugins vor und beschreiben deren Anwendung.

Ab sofort liefert PaCeQuant weitere Werte, die zum Beispiel die Zell-Ausstülpungen näher beschreiben oder Rückschlüsse auf die mechanische Belastung der Zelle erlauben. Außerdem wurde die Software um den LabelImageEditor erweitert, der eine benutzerfreundliche manuelle Nachbearbeitung ermöglicht, falls der automatisierte Prozess aufgrund schlechter Bildqualität fehlerhaft war. Darüber hinaus haben die Forscher das FeatureColorMapper-Tool eingeführt. Es ermöglicht eine visuelle Darstellung der Merkmalswerte über einer abgebildeten Zellregion. Für die statistische Analyse und Visualisierung wurde PaCeQuant durch das R-Paket PaCeQuantAna ergänzt, das statistische Analysefunktionen bietet und die Erzeugung publikationsfertiger Grafiken in nutzerfreundlichen R-Workflows unterstützt.

Weitere Informationen zu MiToBo, PaCeQuant und verwandten Tools finden Sie unter https://mitobo.informatik.uni-halle.de/index.php/Applications/PaCeQuantToolset und http://mitobo.informatik.uni-halle.de/index.php/Main_Page.

Originalpublikation:
Poeschl Y, Möller B, Müller L, Bürstenbinder K. Chapter 20 - User-friendly assessment of pavement cell shape features with PaCeQuant: Novel functions and tools, In: Methods in Cell Biology, Anderson CT, Haswell ES, Dixit R (eds.), Academic Press, Vol. 160, 2020, 349-363, ISBN 9780128215333, https://doi.org/10.1016/bs.mcb.2020.04.010.