zur Suche springenzur Navigation springenzum Inhalt springen

Unsere Projekte decken die verschiedenen Gebiete in einer umfassenden Bioinformatik- und Metabolomics-Plattform ab.

Für die Entwicklung nutzen wir verschiedene Methoden der Software-Entwicklung. Ein großer Teil der Auswertungen wird in der Statistik-Sprache R und mit mehreren Zusatzpaketen des Bioconductor-Projektes erstellt. Wo diese für die breitere Wissenschaft nützlich sind, entwickeln wir eigene Bioconductor-Pakete. Andere Projekte nutzen Java und die Möglichkeit passende nutzerfreundliche Web-Applikationen zu erstellen. Schließlich erlauben uns Workflow-Systeme, wie das Taverna-Projekt, verschiedene heterogene Module zu einer integrierten Pipeline zu verbinden.

Rechenzeitintensive Aufgaben werden auf dem Cluster des IPB gerechnet, der sowohl mehrere leistungsfähige Knoten vor Ort bereit stellt, es aber auch erlaubt Berechnungen in eine "Public  Cloud" zu verlagern.

Signalverarbeitung

Der erste Schritt in der Verarbeitung von Massenspektrometrie-Daten ist die Signalverarbeitung, um die komplexen Rohdaten in einfache Peaklists zusammenzufassen und die Peaks verschiedener Messungen einander zuzuordnen. Wir sind an der Entwicklung des erfolgreichen Bioconductor-Paketes XCMS beteiligt und haben weitere Pakete erstellt...

Mehr lesen...

Metaboliten Identifikation

Die statistische Auswertung von Metabolomics-Experimenten liefert oft eine Vielzahl interessanter Kandidaten. Für deren weitere biologische Interpretation ist ihre Identifikation nötig...

Mehr lesen...

Diese Seite wurde zuletzt am 11.02.2013 geändert.

IPB Mainnav Search