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PhenoMeNal: Eine umfassende und standardisierte E-infrastruktur für die Analyse von medizinischen Stoffwechsel-Phänotypdaten

In den nächsten zehn Jahren wird die Genombestimmung für eine beträchtliche Anzahl der 500.000.000 EU/EWR-Bürger routinemäßig durchgeführt werden. Verbunden mit der Möglichkeit zu immer preiswerteren Assays zur Metabolombestimmung von Proben, kann der Genotyp dadurch mit dem hochdynamischen Metabolit-Phänotyp von Patienten ergänzt werden. Dies stellt die Basis einer tatsächlich personalisierten und evidenzbasierten Medizin dar. Die Erhebung solcher Daten stellt dramatische Anforderungen an das biomedizinische Datenmanagement und die Rechenkapazitäten in Europa. Nach Schätzungen liegt die voraussichtliche generierte Datenmenge in der Größenordnung von Exabyte. PhenoMeNal wird als Antwort darauf eine integrierte, sichere, dauerhafte, bedarfsgerechte, datenschutzkonforme und nachhaltige E-Infrastruktur schaffen. Das Projekt wird von der Europäischen Kommission im Rahmen von Horizont 2020 gefördert und von 13 Partnern aus 7 verschiedenen Ländern durchgeführt. Koordinator ist das European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI) in Hinxton, UK. Ansprechpartner am IPB: Dr. Steffen Neumann.

Pflanzliche Biodiversität Indonesiens und menschliche Gesundheit - "Biohealth"

Das Ziel des Projektes ist es, durch wissenschaftliche und technologische Zusammenarbeit zwischen indonesischen und deutschen Forschungseinrichtungen einen gemeinsamen Beitrag zur Identifikation von natürlich vorkommenden Substanzen mit antiinfektiver Wirkung in indonesischen Pflanzen und Pilzen zu leisten, die potentiell für die Entwicklung von neuen pharmazeutischen Wirkstoffen geeignet sind. Das Projekt wird für 3 Jahre vom BMBF gefördert. Kooperationspartner und Koordinator ist die Universität Leipzig. In Indonesien erfolgt eine Zusammenarbeit mit dem Indonesischen Institut für Wissenschaften (LIPI) und der Landwirtschaftlichen Universität Bogor. Ansprechpartner IPB: Herr Prof. Wessjohann. Ansprechpartner Uni Leipzig: Frau Prof. Müllner-Riehl.

RADAR – Research Data Repositorium

Das Ziel des RADAR Projekts ist die Entwicklung und Etablierung einer generischen Infrastruktur für die Archivierung und Publikation von Forschungsdaten. Daten aus unterschiedlichen Fachbereichen sollen langfristig verfügbar und nachnutzbar gemacht werden. Als fachwissenschaftlicher Partner ist das IPB maßgeblich an der Entwicklung eines fachübergreifenden Metadatenschemas beteiligt und überprüft anhand von eigenen NMR-Daten in Testläufen die Funktionalität des Systems während der gesamten Entwicklung. RADAR ist ein DFG-gefördertes Gemeinschaftsprojekt, an dem neben dem IPB die Technische Informationsbibliothek (TIB) Hannover, das Leibniz-Institut für Informationsinfrastruktur (FIZ) Karlsruhe, das Steinbuch Centre for Computing (SCC) am Karlsruher Institut für Technologie (KIT) und die Fakultät für Chemie und Pharmazie der Ludwig-Maximilian-Universität (LMU) München beteiligt sind. Ansprechpartner am IPB: Dr. Filipe Furtado, Dr. Andrea Porzel und Prof. Ludger Wessjohann.

COSMOS – COordination of Standards in MetabOlomicS

Das Ziel dieses von der Europäischen Kommission geförderten Projekts ist es, den freien und offenen Austausch von Daten im Bereich Metabolomics zu ermöglichen. Unter der Überschrift „Developing an efficient e-infrastructure, standards and data-flow for metabolomics and its interface to biomedical and life science e-infrastructures in Europe and world-wide” werden die Aktivitäten von 14 Partnern durch das EMBL European Bioinformatics Institute koordiniert, um gemeinschaftliche Standards in diesem Bereich zu setzen und zu fördern. Ziel ist die Etablierung einer effektiven e-Infrastuktur zur Speicherung und Analyse von Metabolomicsdaten und deren Integration mit weiteren -Omics-Datensätzen aus den Lebenswissenschaften. Ansprechpartner am IPB: Dr. Steffen Neumann.

 

SOLUTIONS – Solutions for present and future emerging pollutants in land and water resources management

SOLUTIONS ist ein EU-Verbundprojekt, das mit neuen Methoden, Modellen und Instrumenten die Aufstellung von zukünftigen Richtlinien für Wasser und Umweltschutz unterstützen will. Das Ziel ist es, Lösungen für den Schutz der europäischen Gewässer vor gefährlichen Chemikalien zu entwickeln. Das Konsortium besteht aus 39 Organisationen aus 17 Ländern und wird vom Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung (UFZ) koordiniert. Ansprechpartner am IPB: Dr. Steffen Neumann und Christoph Ruttkies.

 

BE LOW – Analyse von Wurzel-Merkmalen zum Testen von Umweltfiltern und Nischen-Komplementarität in Grünland-Gesellschaften

Das Projekt "BE LOW" geht der Frage nach, in welcher lokalen Nachbarschaft bzw. Pflanzengemeinschaft eine neu ankommende Art am besten wachsen kann. Dafür sollen vor allem Merkmale mit funktioneller Verbindung zu Boden-Prozessen untersucht werden, wie z.B. Wurzel-Traits und Wurzelexsudate. Wurzeln haben die Fähigkeit unterschiedliche Signalstoffe ins Erdreich abzugeben, um nützliche Mikroorganismen anzuziehen und Schädlinge zu vertreiben. Die Zusammensetzung dieses Wurzelexsudats, das mit massenspektrometrischen Methoden analysiert wird, ist hochkomplex und ändert sich unter verschiedenen Bedingungen. Mithilfe dieser Daten soll u.a. getestet werden, ob die statistische Wahrscheinlichkeit des Miteinander-Vorkommens von Pflanzenarten in einer spezifischen lokalen Nachbarschaft vorhergesagt werden kann. Mit der Verbindung von funktioneller Biodiversitätsforschung, Gesellschaftsökologie und funktioneller Wurzelforschung wird eine wichtige Lücke in der Verknüpfung von oberirdischen und unterirdischen Prozessen geschlossen. Die Partner in diesem Projekt sind neben dem IPB die MLU Halle-Wittenberg und das Deutsche Zentrum für integrative Biodiversitätsforschung (iDiv). Ansprechpartner am IPB: Prof. Dierk Scheel.

Untersuchung der Calcium-vermittelten Signaltransduktion bei der pflanzlichen Immunantwort

Pflanzen wehren sich gegen mikrobielle Infektionen durch die Erkennung kleiner pathogen-spezifischer Moleküle mittels spezieller Rezeptoren und einer nachfolgenden Signalkaskade innerhalb der Pflanzenzellen. Das Ziel des Projekts ist es, die Calcium-vermittelten zellulären Prozesse von Anfang der Pathogenwahrnehmung bis zu den Transkriptionsvorgängen zu untersuchen. Schwerpunkt dabei ist die Analyse der MAPKs und der Calcium-regulierten Transkription während der Immunantwort. Die Ergebnisse dieser Forschung werden langfristig dazu beitragen, die Krankheitsresistenz von Pflanzen zu verbessern. Das IPB beteiligt sich gemeinsam mit der Universität von Tel Aviv, Israel (Koordinator) und der Freien Universität Berlin an dem Projekt, das von der German-Israeli Foundation for Scientific Research and Development gefördert wird. Ansprechpartner am IPB: Prof. Dierk Scheel und Dr. Justin Lee.

DFG Graduiertenkolleg 1591 – Post-transcriptional control of gene expression: mechanisms and role in pathogenesis

Im Rahmen des GRK 1591 erhalten im Schnitt etwa 12 Stipendiaten von Wissenschaftlern der Martin-Luther-Universität und des IPB eine interdisziplinäre Betreuung bis zur Promotion. Die Themenfelder decken biochemische bis zellbiologische Aspekte von der Krebs- bis zur Pflanzenforschung ab. Es soll untersucht werden, wie die post-transkriptionelle Kontrolle der Genexpression die Differenzierung der Zellen und damit auch Krankheiten in tierischen und pflanzlichen Modellorganismen beeinflusst. Das IPB ist unter Leitung von Dr. Selma Gago Zachert mit dem Projekt "The role of natural antisense long non-coding RNAs in plants" am Graduiertenkolleg beteiligt.

DFG Sonderforschungsbereich 648 "Molekulare Mechanismen der Informationsverarbeitung in Pflanzen"

Das Ziel des SFB 648 ist die Aufklärung der molekularen Mechanismen des Informationstransfers zwischen Pflanze und Pathogen und der daraus resultierenden Informationsverarbeitung in der Pflanze. Beteiligt sind die MLU Halle-Wittenberg, das IPK Gatersleben und das IPB. Mitarbeiter des IPB sind für drei Projekte verantwortlich: PAMP-vermittelte Pathogenabwehr in Solanum tuberosum (Prof. Sabine Rosahl), Funktionelle Analyse von MAP-Kinase-Kaskaden der pflanzlichen Immunantwort (Dr. Justin Lee und Prof. Dierk Scheel) und Funktionelle Charakterisierung der Arabidopsis IQD Proteinfamilie (Dr. Katharina Bürstenbinder und Prof. Steffen Abel).

DFG Graduiertenkolleg 1026 – Konformationsumwandlungen bei makromolekularen Interaktionen

Das Ziel des GRK 1026 ist es, die Beziehung zwischen Proteinfaltung und Proteinfunktion besser zu verstehen. Proteinfaltung, sowohl in vitro als auch unter Mithilfe von Enzymen, ist ein Fokus der Biowissenschaften in Halle. Dreizehn Gruppen von verschiedenen Abteilungen der MLU Halle-Wittenberg arbeiten im GRK zusammen. Sie wollen die Auswirkungen der Proteinfaltung auf Protein-Protein, Protein-Lipid und Protein-Nukleinsäure-Interaktionen sowohl auf biophysikalischer, biochemischer und zellbiologischer Ebene untersuchen. Zwei Gruppen des IPB (Dr. Nico Dissmeyer und Prof. Steffen Abel) sind als assoziierte Mitglieder am DFG-Graduiertenkolleg GRK 1026 der MLU beteiligt.

Diese Seite wurde zuletzt am 02.06.2017 geändert.

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